Το Γυμνάσιο Θραψανού ιδρύθηκε και λειτούργησε για πρώτη φορά τη σχολική χρονιά 1979-80 συστεγαζόμενο με το δημοτικό. Από το 1989-90 μεταφέρθηκε στο οίκημα, όπου βρίσκεται σήμερα.
Τα πρώτα χρόνια , από το 1979 έως το 1990 περίπου ο αριθμός των μαθητών ήταν σχετικά μεγάλος. Κατά μέσο όρο φοιτούσαν στην προαναφερθείσα περίοδο 100 μαθητές κάθε σχολικό έτος.
Τον μεγαλύτερο αριθμό μαθητών είχε το Γυμνάσιο τη χρονιά 1982-83, με 138 μαθητές, ενώ έφτασε μετά βίας να ξεπερνάει τους 30 το 2002-03. Η ανεργία στην τοπική κοινωνία, η αποφυγή ενασχόλησης με την αγγειοπλαστική και τη γεωργία ανάγκασαν τους ντόπιους κατοίκους να μεταναστεύσουν στα μεγάλα αστικά κέντρα. Όλοι αυτοί οι λόγοι σε συνδυασμό με την υπογεννητικότητα συνέβαλαν στη μείωση του μαθητικού δυναμικού.
Μετά το 2003 όμως παρουσιάζεται μια μικρή αλλά σταθερή άνοδος του αριθμού των φοιτώντων μαθητών. Σήμερα ο αριθμός των μαθητών είναι μικρός,ωστόσο το σχολείο μπορεί να θεωρηθεί βιώσιμο καθώς ο αριθμός των μαθητών που φοιτούν σήμερα στις πρώτες τάξεις του δημοτικού είναι μεγάλος.
Διαθέτει Βιβλιοθήκη, και δύο σύγχρονα πλήρως εξοπλισμένα εργαστήρια για το μάθημα της Πληροφορικής και των Φυσικών Επιστημών.
Ο Σύλλογος των Καθηγητών και ο Σύλλογος Γονέων και Κηδεμόνων συνεργάζονται άψογα και επιδιώκουν να διέπει το σχολείο κλίμα ηρεμίας και δημοκρατίας, ώστε να πραγματοποιούνται οι στόχοι που θέτουμε.
Πλούσιες και ποικίλες είναι οι δράσεις που αναπτύσσονται τα τελευταία χρόνια από μαθητές και καθηγητές.